Desenzano e il suo territorio: il piano terra propone un percorso cronologico-didattico che attraversa la storia della presenza umana nel territorio di Desenzano dal Paleolitico sino all’Alto medioevo. I materiali esposti provengono sia dalle prime collezioni private che hanno costituito il nucleo originario del patrimonio museale sia dalle raccolte di superficie dei gruppi archeologico operanti nel territorio, sia dai diversi scavi archeologici che hanno interessato e interessano il territorio.
La storia del territorio scorre sulle pareti grazie alle illustrazioni di Francesco Poroli ed è narrata nelle vetrine in cui sono esposti i reperti archeologici, dal Paleolitico all'epoca romana e Tardo Antica.
Il percorso si apre con una sezione dedicata alla storia delle ricerche nel territorio e al collezionismo. Il museo conserva i material della collezione dell'avvocato Emilio Mosconi (1897-1983) raccolti presso la palafitta del Lavagnone (Desenzano del Garda-Lonato). Alla sua morte, il figlio consegnò la collezione allo Stato affinché fosse esposta “alla visione e allo studio dei cittadini”, come desiderava il padre, nel Museo di Desenzano. Al primo piano del museo è esposto il coltello messorio in legno con lame in selce.
Due vetrine sono dedicate all'importante sito di Ponte San Marco (Calcinato - BS) attivo alla fine dell'età del Bronzo e punto di passaggio sulla via che dalla pianura portava ai territori del Trentino.
L'esposizione prosegue con uno spazio dedicato a Desenzano in epoca romana.
Nel chiostro è poi esposto il sarcofago del II-III secolo d.C. dedicato ad Atilia Urbica, a riconferma della presenza sul territorio di importanti famiglie romane.
Sempre nel chiostro si trovano un bassorilievo raffigurante un leone veneziano, risalente all'epoca del dominio della Repubblica di Venezia su Desenzano (dal 1426 sino alla fine del '700) e una delle colonnine originali che adornavano il chiostro stesso.